1、地址不同：南宁站位于广西壮族自治区南宁市西乡塘区中华路82号，南宁东站位于南宁市青秀区长虹路66号。2、始建时间不同：南宁站于1951年2月25日开站，同年3月10日营业，南宁东站站房工程于2012年7月25日开工建设，2014年12月26日正式开通运营。3、站台规模不同：南宁站的站台规模是7台13线，南宁东站的站台规模是13台30线。
南宁站是中国铁路南宁局集团有限公司管辖的一座特等站，是南宁铁路枢纽的重要组成部分，也是西南出海大通道和中国—东盟国际经贸大通道的铁路交通枢纽。
南宁站是一个集客货运输业务于一体的特等车站，是广西主要客流和重要物资集散地，担负着华南与大西南经济区域客货运输的重任。
南宁东站是中国铁路南宁局集团有限公司管辖的一座客运车站，是西南最大规模的综合性铁路交通枢纽，同时也是集高铁、普速、地铁、公交、长途客运于一体的特大型综合交通枢纽站。
