被吕布所杀，在历史上，董卓是在初平三年即192年的时候，因为司徒王允所设下的反间计，成功被自己的亲信吕布所杀。《三国演义》中董卓是被他的义子吕布杀死的，书中只是对这一事件进行美化，虚构了貂蝉这一个角色，好让吕布中王允的美人计。
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董卓有一爱将，名叫吕布。董卓性情刚烈,吕布稍有冒犯或不合董卓心意之处，董卓便拔戟掷向吕布，要不是吕布身手轻捷，早已不死即伤，吕布暗中怨恨董卓。王允平时对吕布很友好，常常善待于他，又对吕布说董卓几次想杀他，他要除掉董卓，想让吕布作为内应。
王允让士孙瑞草书献帝诏令，以授吕布。吕布命令同郡骑都尉李肃带领亲兵十余人，穿上卫士的服装，守卫着宫殿的北掖门，等待着董卓进宫。当董卓乘车进入北掖门时，李肃执戟刺杀董卓。
据说董卓死后，被暴尸东市，守尸吏把点燃的捻子插入董卓的肚脐眼中，点起天灯。因为董卓肥胖脂厚，“光明达曙，如是积日”。董卓死后，凉州军余部由李傕、郭汜等人率领，一个月后，长安被凉州军攻破
