1、定义不同：酰胺键是一种带负电性的官能团，其中碳氧成双键，氮氢成单键。肽键是一分子氨基酸的α-羧基和一分子氨基酸的α-氨基脱水缩合形成的酰胺键。2、范围不同：肽键都是酰胺键，酰胺键包括肽键但不等同于肽键，因此酰胺键所指的范围比肽键的大。
肽键的定义
肽键是将氨基酸分子间的氨基和羧基脱水缩合而形成的化学键，因缩合产物称为肽，故名肽键。肽键是指酰胺基团中羰基上的π电子和相邻的C-N键中氮原子上的孤对电子共同组成三中心四电子的离域π键。
肽键都是酰胺键，酰胺键包括肽键但不等同于肽键，酰胺键所指的范围比肽键的大。在生物化学中，酰胺键就是指肽键，由一分子氨基酸的氨基与另一分子氨基酸的羧基脱水缩合而来。但是形成肽键至少要2个及以上的氨基酸，只有二肽及多肽里面的酰胺键才叫做肽键。
单个谷氨酸中是没有肽键的，但当2个谷氨酸脱水缩合成一个2肽分子时，-CO-NH-是一个谷氨酸的-COOH和另一个谷氨酸的NH2失去一个水分子，链接2个谷氨酸残基的键称为肽键。
