1、实质不同，旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店。专卖店则是指专门经营或授权经营某一主要品牌商品为主的零售业形态。2、意义不同，专卖店意义是公司品牌、形象、文化的窗口，有利于公司品牌的进一步提升，旗舰店的意义是旗舰店不仅仅是一个概念、一个品牌、一种哲学、一套生活方式。
专卖店和旗舰店有什么区别
除了以上介绍的区别外，其实两者的特点也不同：
1、旗舰店的特点：
(1)权威性。有效肃清假冒伪劣产品，起到以正视听的作用。
(2)身份明确。维护消费者的知情权益。
(3)经营稳定。长期经营不是短期行为，能有效维护自身形象及消费者利益。
(4)值得信赖。能让网购者真正放心购物，明白购物。
(5)成本低，效率高。这是一般网店所具有的特点，作为官方网店效果更明显。
2、专卖店的特点：
(1)选址在繁华商业区、商店街或百货店、购物中心内。
(2)营业面积以著名品牌、大众品牌为主;销售体现量小、质优、高毛利。
(3)专卖店是品牌、形象、文化的窗口，有利于品牌的进一步提升。
(4)能有效贯彻和执行文化及活动方针，有效提高集团的执行力，突破现代企业所普遍面临的管理瓶颈。
(5)专心专业、专卖一类产品或一个品牌，大大增强产品的终端销售能力。
(6)更多的创造顾客购买一类产品或一个品牌的系列产品(专卖+优质产品+星级服务)的机会，提升产品的销量。
