1、 1、商业秘密的认定或证明是首先需要解决的问题。只有达到了证明的标准，才能采取立案措施，其他侦查措施和手段才可以予以展开。 举报人如何证明被侵权信息属于商业秘密，主要是靠第三方机构的鉴定。侵犯商业秘密罪报案首先要具备初步的第三方的鉴定，这个是先决条件，而非仅仅依靠权利人、报案人自身的表述。但是有了这些第三方鉴定结果，也并不一定意味着它可以被认为是最权威的证据。
2、 2、侵犯商业秘密罪报案立案后，主要查证和解决的问题就是被举韫蛛泌尾报人获取商业秘密的渠道和手段。报案单位提供的充分的供判断和把握的证据成为关键点，比如企业采取了保密措施，有一系列针对技术和秘密而做的流程和环节，对认定侵犯商业秘密取证而言都非常重要。 《刑法》219条规定：非法获取商业秘密的行为，即“以盗窃、利诱、胁迫或其他不正当手段获取权利人的商业秘密”。只有取得了行为人侵犯商业秘密的不正当手段的证据后，侵犯商业秘密纠纷案件才能继续侦查。由于很多企业制度流程的设计过程当中不具备还原性，无法使当中的操作能够通过证据的形式予以还原，如果出现这样的状况后仅仅依靠询问和口供，依然存在不确定性。
3、 3、对于侵犯商业秘密非法所得的认定，尽管有法律条文的设定，但由于具体实务中会面临许多障碍，实际操作中依然是通过第三方鉴定机构将损失数额予以固定。 侵犯商业秘密的构成要件之一是侵权行为给权利人造成重大损失。司法解释中将“重大损失”界定为：一是造成直接经济损失数额在50万元以上，二是致使权利人造成其他严重后果。司法实践中，侵犯商业秘密案均是以50万元的数额为要件追究侵权人的刑事责任。
