1、切忌开水冲服；很多人都有一个不好的传统习惯就是什么东西都要加热才能吃，但对于益生菌是致命的伤害，益生菌的活性菌，用开水很容易被烫死，最好建议用40℃以下的水温冲调，保证益生菌的活性从而发挥效果。
2、切忌空腹食用；空腹时，人体内分泌的胃酸PH值过低，不利于益生菌的存活，而饭后食用，可以中和胃酸，胃酸PH值有所升高，大大减少了对益生菌的破坏，更有利于益生菌顺利抵达肠道发挥作用。
3、切忌与抗生素、咖啡、茶等同食；抗生素抗生素分不清有害菌和有益菌，如果同时服用，会把益生菌通通“杀”掉!服用抗生素之后最好间隔2小时及以上，这样效果会更佳。咖啡因和茶多酚会降低益生菌的功效，相隔时间最好在半小时或以上。
1、保存益生菌的温度不要过高，也不要把它们放到日晒、高温、潮湿的环境中。当室内温度超过20℃时，最好放在冰箱里，以保证益生菌中的活性，如果开封后没有及时吃完，应密封后放入冰箱中或直接扔掉，以免有害菌入侵，破坏益生菌的使用效果。
