1、病毒感染。人类巨细胞病毒潜伏在血液中的T淋巴球，EB病毒则是潜伏在血液中的B淋巴球。一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足，免疫力差时，病毒就会发作。
2、与遗传、激素等因素有关。如女性月经前口腔溃疡会有恶化情形，更年期妇女也有病例增多现象，但怀孕期妇女则发病率较低，这些现象都显示溃疡的发生受激素变化影响。
3、精神压力是溃疡的诱因。现代人生活紧张，精神压力大，口腔溃疡是一种因生活形态导致的“文明病”。事实上，很多口腔溃疡患者有是在过度疲劳后发病的。
4、系统性疾病引发。口腔溃疡反复发作也可能是因为白塞氏病、系统性红斑狼疮等系统性免疫疾病引发的，因为免疫系统的异常影响到口腔黏膜组织，从而出现口腔溃疡。
