1、适用范围不同。预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，适用对象具有明显的非营利性，所以又称为非营利性组织会计。企业以盈利为目标，企业会计又称为营利性组织会计。
2、会计核算的基础不同。预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制作为记账基础;事业单位会计根据单位实际情况采用不同的记账基础，不进行经营活动的事业单位会计以收付实现制作为记账基础;进行经营活动的事业单位会计对非营利活动会计以收付实现制作为记账基础，对营利活动以权责发生制作为记账基础。企业会计必须采用权责发生制作为记账基础。
3、会计要素构成不同。预算会计要素分为五大类，即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类，即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。除会计要素数量不同外，即使会计要素名称相同，预算会计与企业会计在核算内容上也存在较大差异。
4、会计等式不同。预算会计的会计恒等式为：资产+支出=负债+净资产+收入。企业会计的会计恒等式为：资产=负债+所有者权益。
5、会计核算原则、内容及方法具有特殊性。在预算会计中，执行专款专用的原则。专款专用原则是指对国家预算拨款和其他指定用途的资金，必须按规定的用途使用，不得擅自改变用途、挪作他用。预算会计在核算内容和方法上不仅与企业会计有很大差异，而且政府预算会计、行政单位会计、事业单位会计之间也有很大差别。
