1、票据数量不一样，自然处理的难易程度也不一我们知道，无论是一般纳税人代理记账还是小规模纳税人代理记账，都是需要做账的，而做账最基本的就是各种票据。而一般纳税人由于营业额较高，所以涉及的票据通常也比小规模纳税人多。而且一般纳税人涉及到增值税专用发票的进项票的认证和抵扣，操作较为复杂。很多细节需要跟客户确认，因此代账公司通常会提供上门取送凭证的服务。
2、报税流程不一样 报税次数也不一对于企业来讲，税务报道很重要。小规模纳税人的增值税是按季申报的，而一般纳税人是按月申报的，光一个增值税，申报次数就翻了四倍。
3、记账做账的标准不一 严格程度也不一一般纳税人代理记账与小规模纳税人代理记账在做账方面区别也很大。一般纳税人在做账要求比较高，代理公司会要求客户一定要每个月及时提供银行对账单、工资明细、各种入账单据等等，而且要设置明细核算。而且，一般纳税人代理记账因为有进项票抵扣，所以很多公司都是买专票用来虚假抵扣的，税局审查也是非常严格的。而小规模纳税人代理记账则没有其复杂。
