1、加热原理不同
电烤箱的加热原理：让电阻丝通电变热，使电能变成热能，使得箱体内的温度提高，继而对食物进行烘烤至熟，这个过程是由外至里的。微波炉的加热原理：通电后，电能变成微波，通过炉内的空气传播到食物，然后使得食物内部每一个分子都进行热运动，从而使得食物变热继而成熟。这个过程是由内而外的。
2、烘焙效果不同
烤箱的加热方式不会破坏食物原有的美味，更可保留食物中所含有的水份和营养成分，烹制的食物外酥内嫩，比较适合东方人的口味。微波炉的主要功能是快速翻热，在加热过程中食物本身的水分及营养成分丧失严重。所以微波炉烹饪的食物，色香味难以俱全。
3、使用方式不同
虽然二者都是具有食物的加热功能，但是微波炉更加的注重快热，也就是说对于许多的上班族来说，为了使食物快速加热，那么选择微波炉是最好的，如果经常烘焙蛋糕，面包则选择电烤箱要更好一些。
