1、全身性疾病的活动期，如结核病、糖尿病、血液病、精神病以及急性传染病流行时期
2、急性扁桃体炎发作时期不宜手术，一般在发作以后2周方可施行手术
3、高血压病及动脉硬化症患者，收缩压如超过20～21.3kPa不宜手术，以免出血
4、身体软弱消瘦、年老或患有严重疾病者；年龄不到5岁的小儿多不主张手术
5、风湿热、风湿性心脏病、关节炎及肾炎等病情尚未稳定者，不宜施行手术，妇女在月经期暂缓手术，因手术出血机会较多
6、有些情况下，必须做扁桃体摘除术，这种情况包括扁桃体过俣觊鄄幼度肥大影响呼吸及引起阻塞性睡眠暂停记忆力减退。白喉（已很少见）也要做扁桃体摘除，在某些需要做扁桃体组织病理化验检查的情况下也可以做这个手术。所有的扁桃体周围脓肿者应该将脓液去除，小的脓肿或者脓液不多时可以直接用针穿刺后抽出脓液，大的脓肿需要进行局部麻醉下手术切开引流。
