1、遗传因素；内于生殖细胞携带有缺陷的遗传因子，或者个殖细胞本身有畸变现象，受精卵的发育必然会有缺陷。这样的胎儿出生，就患有先天性遗传病，如血友病、白痴、白化病等。
2、来自母体的因素：孕妇的生育年龄，情绪，吸烟、饮洒程度．对胎儿的健康有一定影响。如果孕妇有苯丙酮尿症、糖尿病等疾病，其婴儿先天畸形的发生率也要比正常孕妇高，怀孕期间特别是早孕的孕妇患病毒件感染可使胎儿致畸，如风疹、水痘、流感病毒等。
3、环境因素：如高原地区缺氧造成的胎儿先天性心血管畸形，缺少锌、铜等微量元素引起胎儿中枢神经系统方面的畸形，大气污染、工厂废物污染等造成的畸形则更为常见。
4、药物因素：药物对胎儿的影响已引起广泛重视，有些抗生素、激素、磺胺类、镇静类药物，含汞农药、汞铅、铬等重金局．含笨、氯等化上有毒药品，都可能造成胎儿畸形。
5、放射线：放射线对胎儿有影响。
