1、低温保存：益生菌饮品大多没有经过包埋处理，必须低温冷藏保存。这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量，一般来说，益生菌活性会随着温度的增加，不断削减，当然也有例外，例如凝结芽孢杆菌，能够在80℃的热水中存活。
2、常温保存经过微胶囊包埋、冻晶干燥等技术处理过的益生菌粉剂或片剂，可进行常温保存，较适宜的温度是25℃以下，最高不要超过37℃，因为在一定温度范围内，相对较低的温度，对菌的稳定性和药效会更有利。另外此类益生菌产品比一般的益生菌饮料功能性强，往往有特定性功能。
3、避免阳光益生菌饮品相对不稳定，要避免阳光直射导致的活菌过度发酵情况。益生菌粉剂或片剂产品，也要注意做到避光，阳光直射或暴晒，除了影响口味之外，还会损害活性的调节能力。
4、注意保质期所有的益生菌产品都有保质期，要注意在保质期内吃完，才不至于让益生菌失去活性。一般来说，要用益生菌来调节身体，最好是每天都要坚持吃，按照每天坚持的补充量，就不可能存在过期的情况。
