分子生物育种的缺点是显性标记，不利于群体遗传结构的分析；对DNA的纯度以及内切酶的质量要求较高；步骤繁琐、成本高、操作技术难度大等。
生物育种是利用遗传学、细胞生物学、现代生物工程技术等方法原理培育生物新品种的过程。在高中阶段所介绍的育种方法主要有:杂交育种、诱变育种、多倍体育种、单倍体育种、细胞工程育种(、基因工程育种等。生物的育种技术体现着当代生物科学研究的最新成果及其应用。
以下是生物育种方法的相关介绍：
诱变育种是指利用人工诱变的方法获得生物新品种的育种方法。（这句话在中学领域来说应该是完全正确的，已经查阅相关资料。）其原理是基因突变。
杂交育种是指利用具有不同基因组成的同种（或不同种）生物个体进行杂交，获得所需要的表现型类型的育种方法。其原理是基因重组。如果需要的表现型是隐性性状育种就此结束，如果需要的表现型是显性性状则用子二代中选出的个体进行连续自交，直至获得能稳定遗传的类型为止。
以上资料参考百度百科——生物育种
