1、来源不同。深海鱼油主要是从寒冷地区深海里的鱼，如三文鱼、沙丁鱼等提取的；而海豹油是从海豹的皮下脂肪提取的，二者皆来自严寒地区。
3、海豹与人同是哺乳动物，而鱼类是低等冷血动物。哺乳动物体内的 OMEGA-3 不饱和脂肪酸在甘油三脂上的位置与鱼类不同。哺乳动物的 OMEGA-3 在 一、三位上，而鱼类则在二位上。在人体的消化过程中，一、三位上的 OMEGA-3 容易与脂酶作用，分解为游离状态的脂肪而更易被人体吸收。所以海豹油比鱼油的吸收利用率高。
5、海豹油中几乎不含胆固醇，而深海鱼油多数含较多胆固醇。
