1、细胞密度
一般来说，当细胞密度达到60%～80%时进行转染可以取得较高的转染效率，过低或过高都会影响转染效果。
2、细胞生长状态
这点非常关键，很多时候传代次数太少或者太多都将导致细胞对转染试剂敏感度的改变。因此，为了提高转染效率以及转染稳定性、降低细胞毒性，应尽量使用适度传代的细胞系，并在不同次实验时保持细胞传代次数的一致性。
3、细胞种类
不同细胞种类的细胞在做转染时所需要的转染体系是不同的，不能一种体系用在所有类型细胞的转染实验。
4、DNA浓度
在制备高纯度DNA时，还需要对DNA进行内毒素的去除，内毒素的存在会造成细胞毒性，严重影响转染效率。
5、转染试剂
脂质体类的转染试剂毒性较大，尽量选用非脂质体的转染试剂，如entranster等；另外，在大规模使用前，需进行转染试剂和核酸最优比例的摸索。
