1、实施诈骗时所使用的金融道具不同。前者所使用的只能是伪造、变造的其他银行结算凭证；后者使用的分别是票据、信用卡或信用证，可以是伪造、变造的或真实的。
2、诈骗的手段不尽相同。前者只有使用行为一种；后者除使用行为外，还包括其他法定的行为方式，如签发空头支票或无资金保证的汇票、本票，骗取信用证或其他方法的，恶意透支的等。
3、犯罪的直接客体不尽相同。前者侵犯的是国家对其他银行结算凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者侵犯的分别是国家对金融票据、信用卡、信用证的监督、管理制度和公私财产所有权。实践中，如果从票据、信用卡、信用证均具有银行结算功能看，刑法对金融凭证诈骗罪的规定是属于普通性罪名，而对票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪规定则属于特殊性罪名，按照法学理论关于特别法优先于普通法适用的一般精神，对以票据、信用卡、信用证实施诈骗构成犯罪的，只能以票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪定罪处罚，不能以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
