1、反映的经济关系不同：股票反映的是一种有权关系，是一种所有权凭证，投资者购买股票后就成为公司股东；债券反映的是债权债务关系，是一种债券凭证，投资者购买债券后就成为公司的债权人；基金反映的则是一种信托关系，是一种收益凭证，投资者购买基金份额就成为基金的收益人。
2、所筹资金的投向不同。股票和债券是直接投资工具，筹集的资金主要投向实业领域；基金是一种间接投资工具，所筹集的资金主要投向有价证券等金融工具或产品。
3、投资收益与风险大小不同。通常情况下，股票价格的波动性较大，是一种高风险、高收益的投资品种；债券可以给投资者带来较为确定的利息收入，波动性也比较股票较小，是一种低风险、低收益的投资品种；基金的投资收益和风险取决于基金种类以及投资对象，总体来说由于基金可以投资于众多金融工具或产品，能有效分散风险，是一种风险相对适中、收益相对稳健的投资品种。
