第3区在神奥地区。
游戏舞台设定于中央耸立着天冠山、有着绿意盎然的环境、流传着诸多神话的“神奥地区”，一个基于日本北海道设计的岛屿。主角将以挑战宝可梦联盟的冠军为目标，游历神奥地区的各个角落。
神奥地区与宝可梦世界中其余的任何地区都不接壤，特征是地区中央冰雪覆盖的高山（天冠山，同名山脉的一部分，后者将神奥一分为二）。
主角最初的伙伴会从草属性的草苗龟、火属性的小火焰猴和水属性的波加曼这3只宝可梦中选择。其中草属性克制水属性、水属性克制火属性、火属性克制草属性。
从宝可梦的权威山梨博士那里得到的图鉴。宝可梦图鉴能记录下成为伙伴的宝可梦的数据，从名字、属性到身高、体重，以及栖息地等等，都能详尽掌握。
若要完成这个图鉴，便得邂逅许许多多的宝可梦。
