一、性质不同
1、RFID：自动识别技术的一种，无线射频识别即射频识别技术。
2、ETC：不停车电子收费系统，ETC专用车道是给那些装了ETC车载器的车辆使用的，采用电子收费方式。
二、原理不同
1、RFID：通过无线射频方式进行非接触双向数据通信，利用无线射频方式对记录媒体（电子标签或射频卡）进行读写，从而达到识别目标和数据交换的目的，其被认为是21世纪最具发展潜力的信息技术之一。
2、ETC：通过安装在车辆挡风玻璃上的车载电子标签与在收费站 ETC 车道上的微波天线之间进行的专用短程通讯，利用计算机联网技术与银行进行后台结算处理，从而达到车辆通过高速公路或桥梁收费站无需停车而能交纳高速公路或桥梁费用的目的。
三、特点不同
1、RFID：RFID技术依靠电磁波，并不需要连接双方的物理接触；FID系统的读写速度极快；每个RFID标签都是独一无二的，通过RFID标签与产品的一一对应关系，可以清楚的跟踪每一件产品的后续流通情况；RFID标签结构简单，识别速率高、所需读取设备简单。
2、ETC：实施不停车收费，可以允许车辆高速通过（几十公里以至 100 多公里），故可大大提高公路的通行能力；公路收费走向电子化，可降低收费管理的成本，有利于提高车辆的营运效益。
参考资料来源：
